Po útěku bratří na Západ
Na podzim roku 1953 utekli oba její bratři Ctirad a Josef za známých okolností na Západ. (O útěku svých bratří za hranice se dozvěděla až z vysílání rádia Svobodná Evropa.) Na bratry už komunisté nemohli a tak jejich zloba dopadla na zbytek rodiny, tedy i na tehdy dvacetiletou Zdenu. Následovalo její zatčení (26. listopadu 1953) v Olomouci. Poté strávila několik měsíců na samotce ve věznicích v Olomouci a Praze-Ruzyni, kde byla téměř denně podrobována výslechům. Zatčena byla i Zdenina matka a strýc. Na jaře 1954 Zdenu sice propustili na svobodu, ale StB ji i nadále bedlivě sledovala (až do roku 1965).
Zdeninu matku mezitím komunisté odsoudili za spoluúčast na zločinném spiknutí proti republice k 25 letům odnětí svobody. Strýce Ctibora Nováka odsoudili dokonce k trestu smrti za velezradu a špionáž (byl popraven v roce 1955 spolu s dalšími dvěma členy skupiny bratří Mašínů). Těžce nemocná Zdena Mašínová st. byla vězněna v kobce v pražské Ruzyni a dvanáct měsíců ji tam nechali bez pokrývek na holé zemi v hrozném stavu. Na následky těžkého nádorového onemocnění zažívacího traktu zemřela ve vězeňském pracovním táboře v Pardubicích 12. června 1956.
Zdenina matka byla i velmi neuctivě pohřbena – její ostatky byly hozeny do šachty hromadného hrobu na Ďáblickém hřbitově. Bez pohřbu a v tichosti. Zdena hledala matčiny ostatky tak dlouho, až se jí to podařilo. Čtyřicet let pak chodila za matkou spíše na smetiště než na hřbitov a nikdy tam nikoho nepotkala. Málokomu se totiž podařilo identifikovat místo ostatků svých blízkých – obětí komunistické totality. Nikdo nesměl místo ani označit.